Là cháu nội của một vị vua nhưng được trưởng thành với kỳ vọng chỉ là một bá tước, Felipe tỏ ra coi trọng vương quyền.[21] Ông hoàn toàn không có sự chuẩn bị cho việc cai quản vương quốc nhưng lại có thành công nhất định sau khi bỏ ra vài tháng để tìm hiểu mọi thứ bản thân cần biết về vương quốc mà mình cai trị: con người, ngôn ngữ và thể chế nơi đây.[22] Đồng thời, ông cũng tư vấn cho vị vua mới lên ngôi của Pháp.

Felipe III tỏ ra là một người cai trị hiệu quả và thành công.[23] Thành tựu nổi tiếng nhất của ông là việc cải tiến luật pháp của vương quốc Navarra vào năm 1330.[23] Vào tháng 9 năm 1331, ông và Jeanne sang Pháp, sau đó quay trở lại Navarra vào tháng 4 năm 1336 và ở lại vương quốc cho đến tháng 10 năm 1337. Nhìn chung, Felipe III và Juana II ở lại vương quốc lâu hơn bất kỳ vị quân chủ Navarra nào kể từ năm 1274. Cặp đôi đã dành phần lớn thời gian của họ ở các thái ấp khác nhau của Pháp và trong cung điện Paris của họ, từ đó họ có thể tiến xa hơn nữa với tư cách là hoàng gia từ dòng máu Pháp, nhưng Felipe vẫn đảm bảo tầm nhìn của họ ở Navarra trong một số chuyến thăm. Ông thậm chí còn tự mình đến thăm vương quốc vài lần, trong khi "nữ vương chính thống" quản lý các quận của riêng ông ở Pháp.[24]

Triều đại chung của Felipe III và Juana II được đánh dấu bằng sự hợp tác chặt chẽ của họ, nhưng ông nổi bật hơn trong khía cạnh luật pháp và một số lĩnh vực khác trong sự cai trị.[25] Có tới 41 sắc lệnh hoàng gia còn tồn tại đã được ban hành dưới tên của cả Felipe và Juana, nhưng Felipe đã ký 38 sắc lệnh mà không đề cập đến vợ, trong khi chỉ có 6 sắc lệnh được ban hành đứng tên Juana độc lập.[26] Đôi vợ chồng hoàng gia đảm bảo rằng các phong tục tập quán và luật pháp của Navarra được tôn trọng và dân chúng của vương quốc tham gia trực tiếp nhiều hơn vào công việc cai quản. Sự tích cực tham gia của hai người trong cách cai trị Navarra lúc vắng mặt cũng như việc đặt lợi ích của Navarra lên trên những lợi ích của quê hương Pháp đã khiến những người đương thời và các sử gia ca ngợi cặp vợ chồng.[23]

Các dự án phát triển kinh tế do Felipe và Juana thực hiện bao gồm xây dựng hệ thống thủy lợi trên những cánh đồng khô cằn của Tudela ở phía nam vương quốc, đồng thời tu sửa các lâu đài và xây dựng một lâu đài mới ở Castelrenault.[23] Nhà vua và nữ vương cũng quyết tâm đảm bảo việc thực thi luật pháp trong vương quốc của họ như lên án thủ phạm của các cuộc bạo động chống Do Thái diễn ra trước khi họ tới và chỉ định bồi thường cho những nạn nhân. Một vấn đề nhức nhối với cặp vợ chồng hoàng gia là nạn cướp, là vấn đề mà họ cố gắng giải quyết từ khi bắt đầu trị vì. Sự cống hiến của họ trong việc thực thi công lý đã khiến các nhà biên niên sử miêu tả Felipe và Juana là "một vị vua và nữ vương tốt, và được mọi người trong vương quốc yêu mến".[27]

Năm 1338, Felipe sát nhập các vùng đất của Mixe và Ostabarret vào lãnh địa hoàng gia. Những vùng đất này từ lâu đã thuộc về các tử tước xứ Tartas ở Guyenne, những người vốn tôn sùng đối với vua của Navarra. Năm 1338, tử tước già Guitard d'Albret qua đời, truyền lại Bernard Ezi IV, lãnh chúa xứ Albret, là người kế vị.[28] Tuy nhiên, ông từ chối bày tỏ sự kính trọng đối với Felipe. Felipe bèn cử Juan de Rosas, người cai quản thành trì của Saint-Jean-Pied-de-Port để chiếm Garris, thủ phủ của Mixe, qua đó quản lý lãnh thổ với tư cách là người quản lý địa chủ của nhà vua. Giới quý tộc trong khu vực tỏ ra phẫn nộ với hành động của hoàng gia, và vào tháng 9, một đội quân nhỏ gồm 200 quân dưới quyền của Guillem Arnalt de Irumberri đã được cử đến nhằm khôi phục lại địa vị. Felipe đã tịch biên lại các vùng đất và hoa lợi của họ vào lãnh địa hoàng gia.[28]